A su llegada al Aeropuerto Internacional de "El Alto" de La Paz, en la tarde del sábado 21, Don Felipe fue recibido por el embajador de España en Bolivia, Francisco Montalbán, y el Director de Ceremonial del Estado de Bolivia, René Gallardo. Seguidamente, fue saludado por el Ministro de Relaciones Exteriores de Bolivia, Armando Loaiza. Tras la ceremonia de honores, en la que se interpretaron los himnos de Bolivia y España, y la revista de tropas a una unidad del Regimiento Colorados de Bolivia, el Alcalde de La Paz, Juan del Granado, le entregó la Llave de Oro de la ciudad, haciendo otro tanto Fanor Nava, Burgomaestre de El Alto -municipio que alberga el Aeropuerto- con las Llaves de esta localidad. Una vez concluido el recibimiento, el Príncipe se trasladó al Palacio de Gobierno, el Palacio Quemado, donde se entrevistó con el presidente saliente, Eduardo Rodríguez, a quien entregó una carta de Su Majestad el Rey, agradeciéndole su hospitalidad y felicitándole por su trabajo durante su gobierno de transición, que desembocó en las elecciones del 18 de diciembre, en las que resultó vencedor Evo Morales. Posteriormente, se celebró en el Palacio de Gobierno una recepción oficial de bienvenida a los invitados a la investidura presidencial. El domingo, 22 de enero, tuvo lugar la ceremonia de transmisión del mando presidencial en el Congreso Nacional de Bolivia, en la que el Presidente Morales recibió el bastón de Mando y el Collar del Cóndor de los Andes. Al acto asistieron, además de Su Alteza Real, destacados mandatarios de otros países. Una vez concluida, el Príncipe y el resto de Jefes de Estado se trasladaron a través de la Plaza de Murillo al Palacio de Gobierno, y saludaron a los allí congregados desde el balcón del Salón Rojo. Los actos concluyeron con una parada militar.
Posteriormente tuvo lugar una reunión entre Don Felipe y el Presidente boliviano, en la que el Heredero de la Corona le hizo entrega de una misiva de Su Majestad el Rey, en la que le felicitaba por su investidura y expresaba el deseo de que las relaciones entre los países sigan por el camino de la cooperación y entendimiento. La jornada del 23 de enero, comenzó con una recepción en la Residencia de la Embajada en La Paz a una representación de la colectividad española que reside en este país, tras la cual tuvo lugar un almuerzo con personalidades del mundo social, económico, político y cultural boliviano.
Por la tarde, Don Felipe visitó las instalaciones del Centro de Salud "Jesús Obrero" en El Alto, acompañado del secretario de Estado de Asuntos Exteriores, Bernardino León, y la directora general de Cooperación para Iberoamérica, Aurora Díaz-Rato. La puesta en marcha de este hospital ha sido posible gracias a los fondos de la Agencia Española de Cooperación Internacional (AECI).
El Centro de Salud "Jesús Obrero" está en funcionamiento desde 2004 y está gestionado por la Parroquia de Jesús Obrero. Está atendido por personal boliviano y español, y da cobertura sanitaria al distrito 3 de El Alto, donde residen unas 70.000 personas. La financiación inicial para su construcción, que ascendió a 96.000 dólares, fue proporcionada por la ONG española "Manos Unidas", aportación a la que se sumaron 90.000 euros de la AECI.
Una vez finalizada la visita, Don Felipe se trasladó al aeropuerto internacional de "El Alto", para poner rumbo a El Salvador.